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3DMOL - Discussion

Discussion
Notre logiciel

    Après tous les efforts mis à la conceptualisation du logiciel de représentation de molécules en 3 dimensions, il nous a évidemment fallu programmer ce logiciel. Nous aurions pu faire un projet d'étude sans toucher à un ordinateur, mais il valait mieux tester notre théorie pour vérifier si nous avions raison.

    Programmer uniquement une fois par semaine ne donne pas de bons résultats, puisqu'il difficile de rester dans le contexte, de se souvenir de ses variables et de sa liste à choses à faire. Il est certain que les commentaires abondants dans le code source aident beaucoup à ne pas perdre le fil des idées, mais n'importe quel programmeur serait d'accord avec nous pour dire qu'une longue séance de programmation donne de meilleurs résultats que deux de durée moitié.

    Comme la deuxième partie de cet ouvrage le mentionne, la programmation s'apparente à la démarche scientifique quand vient le temps de régler des problèmes. Il faut formuler des hypothèses concernant la source du problème et essayer différentes techniques pour les vérifier. Il était donc très important d'étendre le travail de programmation sur toute la session pour bien voir comment notre projet avançait, plutôt que de développer toute la théorie et de programmer à la toute fin.

    La version finale du logiciel est disponible gratuitement sur demande et est téléchargeable depuis le site web de Jason (http://www.shade.ca/coding/3dmol/default.asp?lg=fr) . Il nous ferait grand plaisir d'apprendre qu'un professeur de chimie l'utilise pour ses cours.



Hypothèses vérifiées

    Notre hypothèse première, soit celle selon laquelle nous serions capables de faire un logiciel de représentation de molécules en 3D de même calibre que ce qui est disponible sur le marché, est vérifiée. Il est vrai que " pc mol " affiche des molécules plus complexes (comme celles d'ADN), mais " pc mol " utilise des cercles avec un petit truc d'ombrage pour représenter des molécules tandis que le nôtre utilise de vraies formes en 3D. Ce premier logiciel rempli correctement sa tâche, mais le nôtre est beaucoup plus polyvalent. Notre logiciel permet d'obtenir des positions par rapport à la molécule que " pc mol " ne permet pas. De plus, dans le cadre du cours de démarche d'intégration des acquis, il ne nous était pas possible d'investir une quantité phénoménale d'heures de programmation afin de bien polir le logiciel. Nous considérons que nous avons très bien travaillé et que notre hypothèse majeure est confirmée.

    Notre hypothèse mineure était de réutiliser notre moteur 3D pour représenter autre chose que des molécules. Nous avons donc décidé de représenter des lettres en 3D ainsi qu'un professeur de chimie. Nous aurions volontiers programmé un jeu d'action tel que Quake ou Unreal, mais comme nous venons de le mentionner, notre temps à investir était plutôt limité pour un projet d'une telle envergure (sans oublier que les programmeurs de Quake ont beaucoup plus d'expérience, de ressources humaines et financières). Nous avons quand même utilisé le logiciel pour représenter autre chose que des molécules en 3D, alors nous pouvons affirmer que notre hypothèse mineure est elle-aussi confirmée.



Implication Sociale

    Les logiciels et la modélisation par ordinateur ont une très grande importance dans notre société moderne. Ils permettent aux scientifiques de faire des tâches longues et répétitives en quelques secondes. Nous croyons que des logiciels comme le nôtre sont très utiles en pharmacologie et dans plusieurs autres domaines. Certains logiciels ont été créés pour faire des simulations de réactions chimiques. Les programmeurs ont appris les règles des réactions inter-moléculaires aux ordinateurs pour leurs permettre de déduire chacune des étapes d'un réaction et de les modéliser en trois dimensions. On peut ainsi faire l'essai de nouveaux médicaments expérimentaux sur ordinateur avant de se lancer dans leur production. Ainsi, il est évident que sans ces logiciels de simulation, la recherche actuelle sur le sida et le cancer ne serait jamais aussi avancée. Ces logiciels permettent de voir l'invisible à l'aide de la théorie.



Conclusion

    Au début, nous ne savions pas trop à quoi nous attendre devant un tel projet. Nous avions beaucoup d'idées, mais ne savions pas ce qui était réalisable. Ce projet nous a permis de mettre à l'épreuve notre esprit analytique, nos connaissances mathématiques et d'enrichir notre expérience en programmation. Nous invitons les futurs élèves de sciences de la nature mordus en informatique de s'essayer et de faire mieux que nous. Une bonne partie du plaisir aura été de découvrir les formules et de s'apercevoir qu'elles marchaient vraiment (ou ne marchaient pas, dans certains cas).



Note des auteurs - Introduction - Le logiciel
Les mathématiques derrière le projet - Discussion



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Jason  
( 2001-05-23 )  




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